作为一部融合科幻穿越与热血战斗的国产特摄短剧，《超限斗神》的主题围绕救世使命、个人成长等多方面展开，既有着特摄剧常见的正邪对抗内核，又融入了情感羁绊与文化融合等深层立意，具体如下：
正邪对抗与救世担当：这是剧集最核心的主题。未来世界因负能量聚合体“幻恶”濒临毁灭，这一设定将“负能量”具象化为破坏世界的邪恶力量，而主角团的战斗本质是正义对邪恶的反抗。孙晚宁接过幻神连接器后，从普通年轻人成长为超限斗神，与小海娜、江陵川携手对抗幻恶怪人，不仅是在逆转未来的绝境，更是在守护当下人类的安宁，凸显了平凡人临危受命时的救世担当，也传递出邪不压正的正能量。
超越极限的成长与突破：剧集名字中的“超限”就暗藏了这一核心主题。主角孙晚宁的成长线是最好的体现，他初期变身战斗还需要小海娜指导，面对怪人时屡屡陷入劣势，但每次为了保护他人，都能突破自身局限，先后觉醒鼠、马、虎等多种幻神力量。同时主题曲中反复强调“不断超越极限”，也与孙晚宁在一次次战斗中总结经验、熟练运用幻神力量的过程相呼应，诠释了个体在压力与责任下突破自我的成长内涵。
情感羁绊的守护与延续：剧集中的情感羁绊贯穿主线，成为推动角色行动的重要动力。一方面是孙晚宁对父亲孙明武的思念，寻找失踪父亲的线索与对抗幻恶的使命交织，他对父亲的执念，其实是对断裂情感连接的弥补渴望；另一方面，剧中“修还是买”的讨论也深化了这一主题，如孙晚宁执着于修复承载情感的物品，如同他坚持完成父亲托付的使命，凸显了情感连接的不可替代性，也让拯救世界的宏大叙事中多了温情的底色。
传统文化与现代力量的融合：这部剧尝试将传统文化元素融入现代特摄故事中。不仅核心武器幻神连接器由古文化专家孙明武研制，战斗场景里也藏有巧思，比如鼠幻神登场的战斗中，融入了戏曲音效，结尾手势还带有禅意，这种设计让现代热血战斗多了东方特色。其主题上也暗含对传统文化的致敬，通过将传统文化相关设定与科幻战斗结合，探索了传统文化在现代语境下的新表达。
团结协作的力量：救世并非单人的英雄史诗，而是团队协作的成果。孙晚宁负责前线战斗，小海娜凭借未来的知识指导战斗、调解团队矛盾，江陵川则用自身的资源和能力多次支援孙晚宁脱离危机。三人从最初的互不熟悉、甚至存在分歧，到后来成为默契战友，一次次携手化解危机。这一过程体现出，面对远超个体能力的危机时，团结协作才是战胜困难的关键，正如主题曲中“跟我联手”所传递的团队精神。