《吴邪的私家笔记》电视剧大结局聚焦西沙海底墓的绝境逃生与多重秘密揭晓，同时留下诸多悬念为后续故事铺垫，具体如下：
海底墓绝境逃生
张起灵为脱险炸开墓室天花板，致使海水倒灌，铁三角陷入被淹没的危机。张起灵判断等内外气压平衡时可从缺口逃生，众人遂憋气往上游。途中吴邪见阿宁被类似头发的东西缠住，出手相救后自己因体力不支下沉。关键时刻张起灵巧妙利用衣物增大浮力，将吴邪救上水面。
医院重逢与小哥离去
吴邪醒来时已身处病房，得知自己昏迷了三天，期间一直是王胖子在照料。他醒来第一时间询问张起灵的下落，胖子告知张起灵刚离开，并留下了一本笔记本。吴邪急忙赶往码头，最终还是没能追上张起灵。
笔记揭秘关键真相
张起灵留下的笔记本揭露了不少核心秘密，里面记录了吴三省的相关事迹，还提到汪藏海曾做长生实验。剧中出现的海猴子、禁婆等怪物，都是汪藏海炼制的丹药导致的变异产物，这也解开了此前探险中遇到的诡异生物之谜。
吴三省的身份迷局
结局实锤了吴三省和解连环长期身份互换的真相。二十年前二人就在西沙海底墓联手布局，目的是揪出九门之外的神秘势力，此次重下海底墓也是他们针对阿宁公司设下的圈套。而真正的吴三省下落依旧成谜，他并未现身与吴邪相见。
留下诸多悬念
吴邪虽成功脱险，但探寻三叔下落的目标并未达成。同时，剧末还埋下了云顶天宫相关的伏笔，且片尾曲后老痒的登场，以及吴邪自出生起就被家族推为对抗“它”的唯一人选等设定，都为后续与《沙海》《藏海花》等相关的故事线埋下了铺垫。